すっげー時間かかった。
v3.21からv3.23へアップしたんだけどね。もう大変。
サブカテゴリーでFancyURL、ということで、なんか基本的な設定とかまちがってんのかなぁ、とかそもそもRightURL入れてなきゃ動かないって事がいけないのかなぁって悩みに悩んだよ。

1.upgradeスクリプトはうまくいった？みたいで、＜%version%＞はv3.23になった
2.最初に気付いたのは、＜%date%＞がエラー吐く（でも日付は表示される）
3.＜%itemlink%＞とか＜%nextlink%＞がおかしなurlになる
4.ExtraskinJPで表示できないページがある（出来るぺーじもある）
5.でもそれ以外は概ね順調。

めちゃくちゃ時間掛かって、v3.22以降Fancyな場合にindex.phpファイルの記述が変更になってたことが分かり、リンク関係が解消した。それでも＜%date%＞がどうしてもエラー吐くんだよね。もう本気で一回全部アンインストールしちゃおうかと思ったよ。
残った問題は＜%date%＞。 
Warning: Missing argument 4 for formatdate() in ***/nucleus/libs/globalfunctions.php on line 1133

ってことなんで見てみたら、v3.22からformatDateの第四パラメータ(&$blog)が追加されている。ってことは、$blogが取得できてないの？って思って、悩みまくったんだけど...。

結論を言えば、いろんなファイルが書き換わっていなかったことで、おかしな挙動になったというわけ。今回はglobalfunctionsは変わってたけどBlogは変わってなかったんだよね。FTPの単純な失敗でした。